21 июля 1991 г. в день города Волжского Архиепископом Волгоградским и Камышинским Германом по улице Набережной 12 «б» было освящено место под строительство и заложен камень на месте будущего храма. В 6 марта 1995 года была проведена первая служба в специально оборудованном вагончике. Летом 1995 года был вырыт котлован и заложена капсула под алтарь. На Пасху 1997 года на территории храма в часовне Иоанна Богослова состоялось первое богослужение. На Рождество Христово в 1998 году в строящемся нижнем храме Иоанна Богослова с престолом в честь Благовещения Пресвятой Богородицы состоялась первая служба. На Пасху 2005 года была проведена первая служба в верхнем храме Иоанна Богослова.
Основные строительные работы по возведению храма Иоанна Богослова были завершены летом 2005 года. В мае 2005 года установлен главный купол храма. 16 ноября 2005 года установлены 4 малых купола. В 2006 году закончена облицовка барабана верхнего храма керамической плиткой. В ноябре 2005 года на территории прихода Иоанна Богослова вырыт котлован под фундамент второй очереди строительства — Воскресной школы. В мае 2008 года к празднованию престольного праздника апостола Иоанна Богослова были завершены работы по созданию наружной мозаичной иконы святого. Летом 2008 года проведены работы по устройству полов в верхнем храме. В 2009 году завершена роспись иконостаса нижнего храма. В сентябре 2009 года сделана бетонная дорога вокруг храма. В октябре 2011 года храму Иоанна Богослова исполнилось 20 лет. В декабре 2013 года по благословению Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Кирилла храм получил статус соборного храма.