История Свято-Троицкого прихода началась в 1989 году. В этот год азовчане, посещавшие богослужения в Свято-Покровском храме села Кагальник, обратились в органы местной власти с просьбой открыть православный храм в городе. Разрешение было получено не сразу, для этого верующим пришлось ездить в Москву. Для организации молитвенного дома местные власти передали приходу небольшое здание, в котором был сделан ремонт силами самих прихожан. В скором времени в Свято-Троицком молитвенном доме стали регулярно совершаться богослужения. Но маленькое здание молитвенного дома не могло вместить всех прихожан, и тогда было принято решение о строительстве нового Свято-Троицкого храма. 18 августа 1989 года был выделен участок под его строительство. 2 февраля 1990 года уже был построен малый храм. И в этом же году начали подготовку к строительству большого храма. В1991 г. начал строится Свято-Троицкий храм. В 1995 году, несмотря на то, что строительство еще не было завершено, богослужения стали совершаться в новой Свято-Троицкой церкви.
В 2000 году было закончено строительство колокольни, на которой установили колокола, отлитые в Воронеже. В 2001 году стены храма обложили кирпичом, было проведено благоустройство подворья. Но самые главные работы проводились в 2004 году, когда была проведена реконструкция и капитальное переоборудование всего храма, крыша была покрыта листовой медью, установлен резной пятиярусный иконостас. Этот трудоёмкий процесс закончился успешно, и все трудности остались в прошлом.
В 2007 году была начата роспись храма, которая в основном уже закончена. Но работы ещё очень много, как в самом храме, так и в Просветительском центре, где будут классы, аудитории и мастерские. При храме действует лицензированная воскресная школа, опекается детская колония ИТК-4 г. Азова и женская колония № 18 (Уч398/19). Работает Православный Духовно-Просветительский Молодежный центр.