Село Иннокентьевка возникло с приходом казаков на берега Амура в 1858 году. Примечательно, что в казачьей станице в числе первых общественных строений была именно церковь. По имеющимся сведениям, в 1862 году храм уже был и именовался в честь Вознесения Господня.
В советское время судьба этого храма разделила участь многих и многих поруганных святынь – в 1935 году в нём была размещена МТС и технические мастерские. Затем деревянное здание церкви было полностью разобрано.
18 июня 1997 г., с благословения правящего архиерея, Высокопреосвященнейшего Гавриила, в с. Иннокентьевка был учреждён приход в честь святителя Иннокентия, митрополита Московского.