Церковь во имя Преподобного Серафима Саровского была построена в 1903 году на пожертвования жителей города Саратова. При церкви имелась церковно-приходская школа и приют для мальчиков во имя свт. Алексия Митрополита Московского.
В 1935 году церковь была закрыта, ее здание было сохранено частично и примыкало к Хлебозаводу №4 (Университетская. 7). В советские годы в здании располагалось общежитие института «Микроб».
В 1989 г. зданию грозил снос. В ноябре 1989 г. верующие жители г.Саратова, собрав подписи, ходатайствовали о недопущении сноса здания церкви.
В 1990 г. здание было возвращено Саратовской епархии. Вскоре, по проведению необходимых ремонтных работ, в храме начали совершаться богослужения.
С 16 апреля 2012 года и по настоящее время в храме осуществляются масштабные работы по его реконструкции.