Деревянный Покровский храм был построен в Пустыни в начале 1860-х гг., в январе 1877 г. сгорел, и вместо него в 1878 г. построили также деревянный, с боковым приделом свт. Николая Чудотворца.
После 1924 г. церковь была закрыта и позже снесена. Она находилась рядом с нынешней школой.
В июне 2010 г. епископ Вениамин заложил в Пустыни новый храм. В январе 2012 г. на него уже был поднят купол и крест, в июле 2012 г. на звонницу подняли колокола. 8 декабря 2014 г. митрополит Серафим совершил в храме первую литургию и преподнес ктитору, Александру Васильевичу Буткину, икону прп. Сергия Радонежского.