28 июня 2006 г. архиепископ Тобольский Димитрий освятил место под строительство храма. 29 июня 2008 г. была совершена первая Божественная литургия. С момента образования Салехардской епархии духовенство храма Петра и Павла г. Салехарда окормляют приход. В день пямяти священномученника, ежегодно, в храме совершают Божественную литургию два архиерея епископ Николай Салехардский и Ново-Уренгойский и митрополит Димитрий Тобольский и Тюменский.