Монастырь ведёт свою историю с конца XVIII века, когда начала существовать богадельня при кладбищенской Успенской церкви. В 1809 году служившая в богадельне женская община была преобразована в общежительный женский монастырь.
В 1920 году обитель была закрыта. В советское время часть зданий архитектурного ансамбля была разрушена или перестроена, в настоящее время идёт восстановление комплекса.
В 1994 году Священный Синод специальным указом возродил Ново-Тихвинский женский монастырь. В обитель был вновь доставлен список Тихвинской иконы Божией Матери, который до революции находилась в одном из монастырских храмов.
19 мая 2013 года Патриарх Московский и всея Руси Кирилл освятил восстановленный Александро-Невский монастырский собор и благословил переименовать обитель из Ново-Тихвинской в Александро-Невскую Ново-Тихвинскую.