Знаменский женский монастырь, стоящий бок о бок со знаменитой церковью Воскресения на Дебре, − самый молодой в Костроме. Он был устроен в 1993 году при Воскресенской церкви, и в его пользование была передана церковь Знамения.
Знаменская церковь была построена с юга от церкви Воскресения на Дебре как «теплая», зимняя, еще в XVII веке и первоначально была освящена как Георгиевская. Это была шатровая церковь с отдельно стоящей колокольней; к концу XVIII века оба здания обветшали, и в 1799 году началось строительство нового храма, который и был освящен в 1802 в честь Иконы Божией Матери «Знамение». Храм был выстроен в стиле классицизм. Автором проекта был костромской архитектор Степан Андреевич Воротилов, автор Богоявленского собора в Костромском Кремле (не сохранился). Чуть раньше, в 1801 году, была освящена пятиярусная колокольня с приделом Прокопия Устюженского.
В 1913 году церковь Воскресения на Дебре посещала императорская семья, прибывшая в Кострому по случаю празднования 300-летия Дома Романовых. Утверждается даже, что Николай II с детьми или даже с императрицей Александрой поднимались на колокольню Знаменской церкви, откуда открывался великолепный вид на Волгу.
В советское время, в 1920-х годах, Знаменская церковь была закрыта, а в 1937 году разрушена колокольня. Оставшийся основной объем с трапезной, обезглавленные, находились в тяжелом состоянии и медленно разрушались. В нем сначала хранили зерно, а позже разместили кочегарку.
В 1993 году по благословению тогда ещё епископа Костромского и Галичского Александра было положено начало новому женскому монастырю в Костроме. Ему во владение передали полуразрушенную Знаменскую церковь, и с 1995 года началось ее возрождение. По старым чертежам главный архитектор Костромской епархии Леонид Сергеевич Васильев составил проект восстановления храма и великолепной колокольни. Шесть лет продолжались реставрационные работы, и наконец над берегом Волги снова поднялся высокий пятиярусный столп. Колокольня была освящена в 2001 году, а к 2007 году восстановлена и сама Знаменская церковь.
Проезд (по г. Костроме): троллейбусы №№ 1, 4, автобусы №№ 20, 21, 25, 26 до остановки «Улица Подлипаева»; троллейбусы №№ 2, 3, 7, автобусы №№ 1, 2, 9, 14 до остановки «Универмаг «Кострома»».
Из Москвы с автовокзала ст. метро Щелковская, отправление автобусов до г. Кострома — 7.00, 8.00, 10.20, 12.50, 22.00, 23.00. Время в пути 8 часов.
Медицинский центр «Милосердие»
Монастырь действует, при нем открыт православный медицинский центр «Милосердие», где оказывают медицинскую и духовную помощь малоимущим, сестры монастыря посещают больных в нескольких городских больницах.