Свято-Никольская кладбищенская часовня была построена в 1799 году на Новом городском кладбище на средства прихожан.
В 1837 году к ней была пристроена трапезная усердием купца, церковного старосты Василия Кирпичникова.
В 1867 году расширен алтарь и пределы главной церкви усердием церковного старосты Cемёна Васильевича Пешкова и прихожан.
Престолов в церкви тогда было четыре:
1) Главный — во имя святителя Николая;
2) В южном приделе — во имя св. муч. Харлампия;
3) В северном приделе — во имя св. преподобного Иоанна Многострадального, затворника Печерского;
4) В трапезе с южной стороны — в честь Рождества Иоанна Предтечи.
В 1962 году был закрыт Преображенский собор и Иконостас из Преображенского собора был перенесён в наш храм. С этого времени храм получил статус кафедрального Иоасафовского собора г. Белгорода.
В 1990 году кафедра перешла во вновь открывшийся для прихожан Преображенский собор. Старинный Иконостас XIII века остался в нашем соборе.
С 1990 года собор стал именоваться Николо-Иоасафовским.
В настоящее время в соборе имеется два престола:
1) Главный — во имя святителя и чудотворца Николая, архиепископа Мир Ликийских,
2) В южном приделе — во имя святителя Иоасафа Белгородского.