Образована решением Священного Синода от 28 декабря 2011 г. (журнал № 175) путем выделения из состава Новосибирской епархии. Включена в состав Новосибирской митрополии.
Монастыри и храмы епархии:
Храм в честь Покрова Пресвятой Богородицы с. Завьялово
Храм в честь Всех святых, в земле Сибирской просиявших, г. Черепаново
Храм во имя святителя Николая села Медведск
Храм в честь Владимирской иконы Пресвятой Богородицы
Покровский мужской монастырь в с. Завьялово
Мужской монастырь в честь Всех Святых в земле Сибирской просиявших г. Черепаново
Храм во имя Святителя Николая в Маслянино
Храм в честь святого Алексия, человека Божия в п. Мошково
Храм во имя святого праведного Симеона Верхотурского в г. Черепаново
Храм во имя святителя Иоанна, митрополита Тобольского в пос. Дорогино
Приход в честь Покрова Пресвятой Богородицы в п. Линёво
Приход во имя святителя и Чудотворца Николая в г. Болотное
Приход во имя святителя Николая в г. Искитиме
Храм во имя святоговеликомученика и целителя Пантелеимона в п. Посевная
Приход во имя преподобного Серафима Саровского в г. Тогучине
Храм во имя преподобного Серафима Саровского в с. Турнаево
Приход в честь Вознесения Господня в р-п Сузун
Православный приход в честь иконы Божией Матери «Живоносный Источник