Приход храма Зачатия праведной Анны в углу Китайгородской стены известен с 1493 года.
Современное здание храма было построено 1658-1668 году. Архитектор неизвестен.
В годы гонений приход был снят с юридической регистрации, а храм закрыт для богослужений и передан в народное хозяйство в 1920-ых годах.
В 1960-ых годах бывшее здание храма было отреставрировано.
В 1994 году бывшее здание храма было передано Патриаршему подворью храмов в Зарядье.
В настоящее время в здании храма ведутся ремонтно-восстановительные работы.