Приход храма Живоначальной Троицы в Никитниках известен с 1629 года.
Современное здание храма было построено в 1650 году. Архитектор неизвестен.
Иконостас работы Симона Ушакова и Якова Казанцева.
12 апреля 1900 года храм посетил Его Величество Царь Николай II с супругой. По желанию императора был устроен нижний придел в храме в честь Грузинской иконы Божьей Матери.
В годы гонений приход был снят с юридической регистрации, а храм закрыт для богослужений и передан в народное хозяйство в 1929 году.
В 1999 году приход был возрождён и получил юридическую регистрацию.
В 2008 году приходу было передано бывшее здание храма.