Построен в 1804–1805 при Горном кадетском корпусе, учрежденном в 1773 Екатериной II (арх. поручик А. Е. Штауберт). Освящен 1 февраля 1805 во имя прп. Макария Египетского, чья память совершается в этот день. После пожара в 1864 и восстановления храм вновь освящен 23 ноября 1861 епископом Ладожским Палладием. В августе 1918 закрыт, в начале 1923 ликвидирован. 30 марта 2001 руководством Горного института принято решение о воссоздании храма. 7 июля 2004 Патриарх Московский и Всея Руси Алексий II вновь его освятил.