В миру Борисов Иоанн Алексеевич, родился 15 декабря 1800 года в городе Ельце, Орловской губернии в семье священника Успенской церкви Алексия Борисова.
Родители преосвященного Иннокентия были люди простые, доброй жизни. Отец Алексей Борисов получил домашнее образование. Из низших степеней клира он дослужился до священника и старался в частых проповедях донести до прихожан слова отцев и учителей Церкви. Мать преосвященного Иннокентия Акилина была женщина неграмотная, но умная и набожная. Крест и молитва были главным основанием всей её жизни, всех её мыслей, действий и поступков. У неё была своя домашняя аптека, состоявшая из разных трав и цветов, росного ладана, благословенных хлебов, елеев от чудотворных икон, Богородичных просфор и подобных сим священных предметов.
Ими она врачевала себя и своих детей. В родительском доме Иван изучил славянскую азбуку, Часослов и Псалтирь и научился письму.
Первоначальное образование получил в Воронежском уездном училище, по окончании которого поступил в Орловскую духовную семинарию. Среди своих сверстников он отличался необыкновенными способностями, которыми восхищал своих воспитателей. В 1819 году он окончил семинарию и, как один из лучших ее выпускников, был направлен для продолжения образования в Киевскую духовную академию. Здесь с новой силой проявились его выдающиеся способности.
Помимо слушания лекций он очень много занимался самообразованием и иногда излагал перед своими товарищами учение того или иного философа с такою ясностью и простотой, что превосходил лекции профессорские. Все науки ему давались легко. Он единогласно был признан первым студентом академии. В высшем отделении академии Иоанн Борисов много занимался составлением проповедей, и уже в это время в нем обнаружилось высокое самобытное дарование, как отличного церковного проповедника, прославившее его затем по всей России и даже за ее пределами.
В Санкт-Петербургских духовных школах
В 1823 году Иоанн Алексеевич Борисов окончил академию со степенью магистра. Сразу же по выпуске, 28 августа 1823 года, он был назначен инспектором и профессором церковной истории и греческого языка Санкт-Петербургской духовной семинарии, а через три месяца — еще и ректором Санкт-Петербургского Александро-Невского училища. 10 декабря того же года Иоанн Борисов был пострижен в монашество с именем Иннокентия и в этот же день рукоположен во иеродиакона, а затем, 29 декабря, — во иеромонаха.
10 декабря 1824 года иеромонах Иннокентий был переведен бакалавром богословия в Санкт-Петербургскую духовную академию, а 2 сентября 1825 года был назначен инспектором этой академии. За образцовое преподавание богословских наук 6 января 1826 года он был возведен в степень экстра-ординарного профессора богословия. Повышение его по службе шло очень быстро. 16 марта 1826 года иеромонах Иннокентий был возведен в сан архимандрита.
