Монастырь основан 26 декабря 1995 года решением Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II и Священного Синода.
Постановлением администрации города в 1930 году храм был закрыт и подвергся разрушительной перепланировке (снесены купол и колокольня). Храмовая община была слита с общиной Александро-Невского собора бывшего Ново-Тихвинского женского монастыря.
Храм после прекращения богослужений использовался как кинотеатр. В военные годы в алтаре храма жил слон одного из эвакуированных зоопарков. После войны храм был разгорожен на два этажа. Первый этаж занимали мастерские Художественного фонда, второй – различные архитектурные организации.
В 1993 году здание храма было передано РПЦ. 26 декабря 1995 года по представлению епископа Никона (Миронова) Священный Синод принимает решение об учреждении монастыря при Крестовоздвиженском храме города Екатеринбург.