Приход храма Богоявления Господня в Елохове известен с 1698 года. Современное здание Собора было построено в 1845 году. Архитектор Е. Тюрин.
Главный престол собора посвящен Богоявлению Господню, правый придел Благовещению Пресвятой Богородицы, левый придел — Святителю Николаю Мирликийскому.
С 1938 года храм обрел положение кафедрального собора города Москвы. В 1945 году получил статус Патриаршего собора.
Здесь проходила интронизация Патриархов Московских и всея Руси: Сергия (1943 г.), Алексия I (1945 г.), Пимена (1971 г.), Алексия II (1990 г.).
Здесь погребены предстоятели нашей Церкви Сергий и Алексий II. Москва прощалась здесь с патриархом Пименом.