Основатель монастыря на Карповке – св. прав. Иоанн Кронштадтский, строительство началось весной 1900 г. по проекту архит. Никонова, который был рассмотрен императором Николаем II. Определением Святейшего Синода в февр. 1903 г. монастырю придан статус самостоятельного, названного Иоанновским во имя Иоанна Рыльского, в честь которого был заложен в нижнем этаже здания первый храм обители. В 1924 г. монастырь официально был закрыт. В нояб. 1989 г. началось восстановление монастыря. 25 дек. 1991 г. Иоанновский женский монастырь стал самостоятельным и приобрёл статус ставропигиального.