26 февраля 2002 года, по благословению архиепископа Благовещенского и Тындинского Гавриила, на центральном рынке г. Белогорска была открыта церковная лавка православного братства святого благоверного князя Александра Невского для распространения православной веры среди жителей Белогорска через реализацию православной литературы и предметов религиозного назначения.
За время работы церковной лавки белогорцы неоднократно высказывали пожелания жителей открыть приход и построить храм в центре города, тем более, что историческая Свято-Троицкая церковь до революции находилась на центральной площади города (сейчас на этом том месте расположена гимназия искусств), в 1932 году она сгорела по неизвестным причинам.
27 июля 2003 года состоялось собрание верующих граждан города, на котором было принято решение об открытии прихода в честь иконы Божией Матери «Всецарица». 26 сентября 2003 года приход прошел государственную регистрацию, администрация города предоставила общине в аренду помещение в общеобразовательной школе № 22. Там обустроили молебную комнату и церковную лавку. Духовное окормление верующих осуществлял иерей Сергий Бондаренко, однако в связи с пожароопасной ситуацией в здании школы (здание было старое и ветхое) проводить богослужения в молельном помещении не разрешили.
В апреле 2005 года администрация города передала приходу нежилое здание по ул. Садовой, 11В, которое расположено на исторически церковной земле.
С 21 февраля 2012 года настоятелем прихода был иеромонах Платон (Норматов), с 21 февраля 2013 года – иерей Виктор Король.
21 августа 2013 года приходу вернули историческое название в честь Святой Живоначальной Троицы.