Церковь Николая Чудотворца в с.Шишовка Бобровского района Воронежской области была построена в конце 19 в. На средства местного землевладельца В.И. Станкевича по проекту воронежского архитектора Д.В. Знобишина.
Предположительно в 1930-х годах церковь была закрыта. Со времени закрытия (1930-е годы) и до начала 1990-х годов была утрачена кровля всех объемов, завершение колокольни и церкви. Длительное время в церкви находился склад фуража, лишь в 1992 году здание церкви было передано православной общине.
Ремонтно-реставрационные работы были начаты на тот период главой сельского поселения Балбековым Анатолием Ивановичем и продолжены Иванниковым Олегом Алексеевичем генеральным директором ООО «Останашкино».
23 ноября 2008 года Митрополит Воронежский и Борисоглебский Сергий совершил чин освящения храма во имя святителя Николая, Мир Ликийских чудотворца в с. Шишовка Бобровского района Воронежской области. Затем владыка Сергий совершил Божественную литургию в новоосвященном храме, за которой рукоположил иподиакона Игоря Володько во диакона.