Приход храма Иерусалимской иконы Божией Матери открыт Указом Священного Синода 25 ноября 1912 года.
Современное здание трехпрестольного храма было построено в 1912 году. Архитектор С.Ф. Воскресенский и Л.П. Бителев.
В годы гонений приход был снят с юридической регистрации, а храм закрыт для богослужений и передан в народное хозяйство в 1935 году.
В 1996 году при храме Иерусалимской иконы Божией Матери за Покровской заставой было учреждено Патриаршее Подворье. В том же году подворью было передано бывшее здание храма.
С 2006 года храм является представительством Кресто-Воздвиженского Иерусалимского ставропигиального женского монастыря.