Храм был расположен в бывшем здании Дезактивационного отдела, зарегистрирован с 1996 года.
В 2009 году священник Евгений Яганов реконструировал здание.
В декабре 2009 года в результате пожара сгорел до основания. Трудами священника Евгения Яганова, с 1996 по 2013 годы являвшегося настоятелем Иоанно-Предтеченского прихода, Храм после пожара был заново отстроен по новому проекту с алтарной апсидой и поднятием стен до высоты второго этажа. В 2012 году были освящены и установлены над храмом кресты и купола.
В декабре 2013 года Иоанно-Предтеченский приход передан в окормление иерею Петру Хонину, настоятелю Спасо-Преображенского храма г. Шемонаиха.