Владимирская епархия была учреждена в 1214 году при святом благоверном великом Владимирском князе Георгии Всеволодовиче – ее выделили из состава Ростовской епархии. Первым ее епископом стал игумен Богородице-Рождественского монастыря во Владимире Симон. Игумен Симон был посвящен во епископы в Киеве – матери городов Русских, Киевским митрополитом Матфеем.
Большая часть территории современной Владимирской епархии входила в состав Митрополичьей области (с 1589 г. Патриаршая область, с 1721 г. Синодальная область). Муромская земля находилась под управлением Рязанских епископов. В 1347 г. на землях Суздальско-Нижегородского княжества была образована Суздальская епархия. В 1742 г. была создана Московская и Владимирская епархия, включившая в себя большую часть Синодальной области.
В 1744 году Владимирская епархия была выделена как самостоятельная церковная единица.Указом от 16 июля 1744 года была учреждена Владимирская и Яропольская епархия.
Согласно указам Екатерины II (1788 г.), Павла I (1799 г.) и Александра I было установлено, что границы епархий должны совпадать с границами губерний. Такое положение действовало до 1917 г. Границы Владимирской епархии в этот период совпадали с границами Владимирской губернии.
В 1788 г. в состав Владимирской епархии были включены Переславская и Суздальская епархии.
В 1917 году сразу после революционных событий началось закрытие приходов и монастырей Владимирской епархии, гонения на Церковь и верующий народ.
В 1918–1919 гг. все храмы Владимирской епархии были переданы в ведение административных отделов гор-уиисполкомов или милиции.
В 1923 г. начинается массовое закрытие монастырей.
В годы Великой Отечественной войны произошла стабилизация церковно-государственных отношений. 14 августа 1944 г. указом Президиума Верховного Совета СССР создается Владимирская область. В настоящих границах, совпадающих с границами Владимирской области, Владимирская епархия существует с момента последнего административно-территориального преобразования 1944 года.
Границы Владимирской епархии в 1944-2013 гг. совпадали с границами современной Владимирской области.
16 июля 2013 года решением Священного Синода Русской православной Церкви (журнал № 75), согласно прошению архиепископа Владимирского и Суздальского Евлогия (Смирнова), в административных границах Владимирской области была образована Владимирская митрополия в составе трех епархий – Владимирской, Муромской и Александровской. Главой Владимирской митрополии был назначен митрополит Владимирский и Суздальский Евлогий. В составе Вязниковского, Гороховецкого, Муромского, Меленковского и Селивановского районов Владимирской области была образована Муромская епархия, которая была выделена из состава Владимирской епархии. Епархиальным архиереем Муромской епархии был назначен епископ Нил (Сычев) с титулом «Муромский и Вязниковский». В административных границах Александровского, Киржачского, Кольчугинского, Петушинского и Юрьев-Польского районов Владимирской области была образована Александровская епархия. Епархиальный архиерей Александровской епархии имеет титул «Александровский и Юрьев-Польский». Временное управление Александровской епархией было поручено архиепископу Владимирскому и Суздальскому Евлогию.