Приход храма Рождества Иоанна Предтечи в Зарядье был основан Святейшим Патриархом Московским и всея Руси Филаретом 24 июня 1619 года.
Современное здание трехпрестольного храма было построено в 1867 году. Архитектор неизвестен.
В годы гонений приход был снят с юридической регистрации, а храм закрыт для богослужений и передан в народное хозяйство в 1920-ые годы.
В 2004 году бывшее здание храма было передано Патриаршему подворью храмов в Зарядье.
В настоящее время здание храма находится в состоянии капитального ремонта и реставрации.