До образования епархии в границах Удмуртской Республики ее территория входила в состав Сарапульского и Глазовского викариатств Вятской епархии. 11 июля 1921 г. было открыто Ижевское викариатство в составе Сарапульской епархии. Самостоятельная кафедра была упразднена 18 мая 1926 г.
30 ноября 1988 г. постановлением Священного Синода Ижевская епархия была восстановлена.
Решением Священного Синода от 25-26 декабря 2013 г. (журнал № 138) из состава епархии были выделены Глазовская и Сарапульская епархии. Ижевская епархия включена в состав Удмуртской митрополии.