Образована решением Священного Синода от 29 мая 2013 г. (журнал № 41) путем выделения из состава Петрозаводской епархии. Включена в состав Карельской митрополии. Епархиальному архиерею Синод постановил иметь титул «Костомукшский и Кемский».