Приход храма Всех Святых на Кулишках известен с конца XIV века. Он был основан Дмитрием Донским в память победы на Куликовом поле.
Церковь была полностью перестроена в камне в 1488 г.
Современное здание храма было построено в 1662 году. Архитектор неизвестен.
В годы гонений приход храма был снят с юридической регистрации, храм закрыт для богослужений и передан в народное хозяйство в 1931 году. Вместо планировавшегося сноса была приспособлена под нужды органов госбезопасности.
В 1975 г. здание было передано Музею истории Москвы, в связи с чем в 1970-82 гг. была проведена реставрация.
В 1991 г. приход был возрожден, получил юридическую регистрацию, и приходу было передано бывшее здание храма.
В 1999 году храм Всех Святых на Кулишках получил статус Подворья Патриарха Московского и Всея Руси храма Всех Святых на Кулишках, и представительства Главы Александрийской Поместной Церкви Папы и Патриарха Александрийского и Всея Африки.