Писцовые книги ХVI века сообщают, что село Никитское получило свое название от церкви Никиты Мученика, там построенной. В то время эта земля с ее окрестностями принадлежала Никите Романовичу (брату царицы Анастасии и деда царя Михаила Романова). Во времена правления Бориса Годунова имущество Романовых было отобрано в государственную собственность.
Каменная церковь на месте старой деревянной была построена уже при новом владельце, когда в XVIII веке земли с селом Никитским были пожалованы А.М. Апраксину, сподвижнику Петра I. В конце XVIII века усадьба Никитское переходит во владение князей Куракиных, которые много в ней перестраивают заново. В начале XIX века построена каменная колокольня, которая сначала стояла отдельно, но потом ее соединили новою папертью с церковью.
В 1933 г. во Владимирскую церковь был назначен настоятелем священник Николай Михайлович Ковальский. Когда в 1937 году он попытался сделать ремонт протекавшей крыши церкви, против него сфабриковали дело и осудили на 10 лет лагерей. Церковь была закрыта в том же году. В ней устроили склад. Из внутреннего убранства, к сожалению, сохранились только несколько сильно поврежденных фресок на стенах храма.
Здание церкви является памятником архитектуры. В 1992 году церковь была передана общине верующих. Силами прихода ведутся восстановительные работы.