Первое упоминание о селе относится к 1596 г. В 1627 г. при передаче села Горицкому монастырю вдовой М.Б.Жулебиной в Михалькове существовал деревянный храм свт. Николая Чудотворца. В 1723 г. село перешло к дипломату и государственному деятелю эпохи Петра I — П.П.Шафирову. Храм построен в 1826 г. на средства прихожан. Последний священник храма в Михалькове — о.Николай Самарьянов — был арестован в 1938 г. во время службы и впоследствии расстрелян. Храм закрыт решением президиума облисполкома от 9 мая 1939 г.