Построен в 1911 по проекту военного архитектора Э. К. Герле как «часовня-покойницкая» при Анатомическом здании Императорской Военно-медицинской академии. После революции здание было национализировано. В 2001 передано Церкви, в 2002 возобновлены богослужения. Здание храма включено в перечень вновь выявленных объектов историко-культурного значения.