В 90-е годы XX века в нашей стране началось возрождение православной веры. Стали строиться, реставрироваться и открываться храмы. Такое оживление произошло и в селе Омутинское. Никитин Павел Егорович, заштатный священник Омской епархии, предложил создать православный приход в селе Омутинском. После собрания жителей, которое состоялось 26 декабря 1995 года, он поехал в город Тобольск, где испросил благословения у Владыки Димитрия на создание прихода. Первоначально община состояла из 9 человек, жителей села Омутинского: П.Е. Никитин, З.А. Никитина, В.П. Орехова, А. Девятых, В.Е. Шевчук, Ю.В. Земляницын, Ю. Ковшов, Н.И. Кравченко, А. Бабенкова. В эту группу входила также Самсонова Лидия Ивановна, заведующая детским садом (в дальнейшем староста прихода). В это время она была уже человеком пенсионного возраста. Вначале молились у нее дома, потом по очереди у всех членов религиозной общины. Когда группа увеличилась до 15 человек, было принято решение обратиться в администрацию района с просьбой о выделении помещения под храм.
В 1998 году общине отдали под церковь списанное ветхое здание бывшей музыкальной школы, которому на тот момент было уже 90 лет. Разрушенный некогда храм назывался Богоявленским, это же название решили оставить за вновь создаваемым. Для помощи в ремонте и для духовного окормления из города Тобольска специально приезжал иеромонах Мефодий, оказывавший духовную поддержку и проводивший консультации по ремонту и внутреннему устроению храма.
После ремонта, регистрации общины и освящения церкви отцом Мефодием Богоявленский храм начал функционировать. Иконы для храма собирали через местных жителей. Большую помощь в создании храма оказал В.П. Танин – глава сельсовета, А.И. Федосов – ген. директор ОАО «Омутинскагропромдорстрой», Б.Н. Малышев, А.М. Филипов, В.И. Лайко. Неоценимы заслуги прихожан К.И. Захаровой, Т.М. Шабановой.
Большую роль в духовном просвещении сыграли протоиерей Сергий Швалев, бывший в то время благочинным Тюменского благочиния, иерей Андрей Смочук, служивший в поселке Голышманово и окормлявший Омутинский приход.
Староста прихода Л.И. Самсонова обратилась к правящему архиерею с просьбой о назначении на приход постоянного священника, и в 1999 году на приход был назначен иерей Сергий Козьминых, который совершал служение до 2005 года.
В 2005 году Указом Архиепископа Димитрия на приход был назначен иерей Виталий Остапчук, который служит до настоящего времени. В день престольного праздника Богоявления Господня по окончании Литургии проводится Крестный ход на реку Вагай, где силами прихожан устраивается ледовый городок с местом для освящения воды и купелью для погружения.
Крестные ходы по селу проходят также в дни Святой Пасхи, Троицы.
На праздники Рождества Христова и Святой Пасхи настоятель и прихожане посещают дом-интернат для престарелых, детский приют, дом инвалидов, где всем дарят подарки. К церковным праздникам публикуются статьи-проповеди в местной газете «Сельский вестник». По местному телевидению выходят в эфир передачи-проповеди к праздникам Рождества Христова, Крещения Господня, Пасхе, беседы о христианстве, о семье, о двунадесятых праздниках, о Таинствах Православной Церкви.
Периодически проводятся беседы с учащимися средних школ района на православную тему.
В 2000 году на сходе граждан села Омутинского было принято решение просить администрацию района о выделении места под строительство храма. Этим местом стал центр села – парк, где расположен памятник Жертвам гражданской войны, недалеко от разрушенного в 30-е годы прежнего каменного храма.
Проектировал храм тюменский филиал проектного института «Сибспецпроектреставрация» Министерства культуры РФ. Руководитель – В.А. Силантьев. 17 октября 2000 года эскизный проект был утвержден Архиепископом Димитрием.
После закладки фундамента в 2003 году строительство не велось в течение двух лет и возобновилось только в 2005 году.
Финансовые средства на строительство храма выделяются из бюджета Тюменской области.