Приход храма Усекновения главы Иоанна Предтечи в Братееве известен с конца XVI века.
Каменное здание храма было построено в 1892 году. Оно имело главный престол в честь Усекновения главы Иоанна Предтечи и боковой, во имя Архангела Михаила.
Было разрушено второй Мировой войной, в 1941-1945 годах.
В 1996 году возрождённый приход получил юридическую регистрацию. Был построен временный деревянный храм в честь Святой Троицы.
В 2009 году началось строительство каменного храма Усекновения главы Иоанна Предтечи в Братееве. Строительство храма велось в рамках «Программы 200».
23 сентября 2012 года храм освящен великим чином в честь Усекновения главы Иоанна Предтечи Патриархом Московским и всея Руси КИРИЛЛОМ.
Строительство комплекса храма продолжается.