Собор построен в 1899 году и впервые освящен 29 декабря 1899 года епископом Томским и Барнаульским Макарием, ныне прославленным в лике новомучеников и исповедников Российских. В начале 30-х годов храм был закрыт. 25 августа 1989 года, по многочисленным просьбам Новосибирской епархии и требованиям новосибирцев после референдума, при 95% голосов собор Александра Невского был возвращен Новосибирской епархии. 15 мая 1991 г. впервые прибывший с визитом в Новосибирск Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II вновь освятил собор.