Первая деревянная церковь Воскресения Христова была возведена одновременно со строительством крепости Хотмыжск в 1640 году. Первыми священниками в ней были Игнатий Иванов и Семен Иевлев. В 1839 году построена и освящена трехпрестольная каменная церковь Воскресения Христова (по проекту архитектора Мельникова А. М.). В досоветское время в храме хранился вызолоченный серебряный крест, подаренный ему в 1649 году царем Алексеем Михайловичем в честь победы над неприятелем под Хотмыжском. Крест утрачен.
В 1930-е годы храм был закрыт и отдан под склад ядохимикатов. Восстановлен в 1995 году. 28 сентября 1996 года храм посетил Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II. Во время визита он освятил Колокол Единения славянских народов, установленный на колокольне храма. С 1997 года раз в два года в сентябре молебном в Воскресенском храме открывается Международный фестиваль славянской культуры и искусств «Хотмыжская осень», в котором принимают участие делегации приграничных областей России, Украины и Белоруссии.