Приход храма Трёх Святителей на Кулишках известен с XV века.
Современное здание двухэтажного трёхпрестольного храма построено в 1674 году. Архитектор неизвестен.
В нижнем этаже расположены приделы – Трех Святителей Василия Великого, Григория Богослова и Иоанна Златоустого с юга и Флора и Лавра с севера. Наверху был устроен храм во имя Святой Живоначальной Троицы.
В годы гонений приход храма был снят с юридической регистрации, храм закрыт для богослужений и передан в народное хозяйство в 1927 году.
В 1992 году приход был возрожден и получил юридическую консультацию, а в 1996 году приходу было передано бывшее здание храма.
С 1996 года по настоящее время в здании храма ведутся ремонтно-восстановительные работы.
12 февраля 2010 года Митрополитом Илларионом Волоколамским, председателем отдела внешних церковных связей Московского Патриархата, было совершено великое освящение Троицкого престола.