Ильинский храм был построен купцами Петром Павловичем и Иваном Павловичем Кокушкиными в 1892 году. Он был единственным храмом – подворьем Николо ­ Шартомского монастыря, а также единственным в Заречной части города. Место для храма на новой прямоугольной площади в Заречье было определено уже в 1834 году в генеральном плане города Шуя. 21 февраля 1880 года на месте будущего храма была освящена деревянная часовня, и уже 21 июля 1881 года был освящен каменный храм.

Первая колокольня была деревянной (с пятью колоколами), сам храм ­ кирпичным, не оштукатуренным. Купол был выкрашен голубой краской с накладными вызолоченными звёздами. Над южными дверями на стене было живописное изображение Пророка Божия Илии, возносящегося на огненной колеснице на небо.
В начале XX века был пристроен обширный притвор, храм обнесли оградой, появилась сторожка. В 1910­х годах храм был оштукатурен и приписан к Николо­Шартомскому монастырю, считаясь бесприходным. В нем служили один иеромонах, один иеродиакон, два послушника. В 1924 году храм был закрыт.

Долгое время в здании бывшего храма находился фабричный клуб «Шуйский пролетарий», прозванный жителями города «Безбожник». Помещение было переделано под кинозал. Все убранство храма утрачено, предметы декора были разрушены и сломаны.

В начале XXI века храм вернули Церкви. А 2 августа 2009 года, в день святого пророка Божия Илии, в храме была отслужена первая литургия.