Храм был основан в 1994 г. указом епископа Кемеровского и Новокузнецкого Софрония. С 27 сентября 1996 года, в праздник Воздвижения Креста Господня, началось совершение богослужений в приспособленном помещении (металлический ангар) рядом со строительной площадкой основного храма. 26 ноября 2006 года состоялось освящение нижнего храма в честь святителя Иоанна Златоустого епископом Кемеровским и Новокузнецким Аристархом. 21 сентября 2008 года в день празднования юбилея 15-летия Кемеровской и Новокузнецкой епархии был освящен верхний храм в честь Святой Троицы архиепископом Костромским и Галичским Александром. 12 декабря 2011 года настоятелем храма Святой Троицы г. Кемерово был назначен протоиерей Сергий Кожевников.