Основан в 1604 г. иеромонахом Ионою из Пошехонья, который был ранее священником.
В 1704 г. мощи Св. Симеона из Меркушино были перенесены в Николаевский монастырь. В придельном храме Николаевской церкви почивают нетленно мощи праведного Симеона Верхотурского.
В 1716 году весь монастырь, со всеми храмами, был истреблен пожаром, но мощи праведного Симеона остались невредимы.
Монастырь стоит на холме между ручьями Калачик и Свияга, один из которых также отделяет его от кремля.
В 1924 году монастырь был закрыт, его помещения использовались под колонию для несовершеннолетних. При советской власти в монастыре находилась колония малолетних преступников.
В 1990 году монастырь возвращён Русской православной церкви. Началось восстановление его построек и возрождение монашеской жизни.