28 марта 1991 году было создано Майкопское благочиние Краснодарской епархии с центром в Майкопе. В 1992 году последовало преобразование Адыгейской автономной области в Республику Адыгея также со столицей в Майкопе.
По представлению архиепископа Краснодарского Исидора Священный Синод 26 февраля 1994 года учредил самостоятельную Майкопскую епархию с центром в Майкопе на территории Республики Адыгея и 13 районов Краснодарского края. 5 октября того же года к епархии также были причислены приходы Русской Православной Церкви в Армении .
28 декабря 2000 года из состава епархии были выделены приходы находящиеся в пределах Краснодарского края и возвращены Краснодарской епархии. Вероятно тогда же Краснодарской епархии были переданы и приходы в Армении.
Статистика:
Количество приходов — 55.
Количество клириков:
священников — 68;
диаконов — 12.
Благочиния и благочинные:
Первое Майкопское — иерей Георгий Кинцурашвили
Второе Майкопское — игумен Антоний (Яворский)
Гиагинское — протоиерей Александр Старченко
Даховское — иерей Ростислав Евенко
Адыгейское — протоиерей Олег Силюта
Николаевское — иерей Павел Федоров