Приход храма Покрова Пресвятой Богородицы на Лыщиковой горе известен с 1625 года. Он образовался после упразднения Покровского Лыщикого монастыря первое документальное упоминание о котором встречается в 1504 г.
В 1696 г. был построен новый каменный храм с приделом прп. Иоанна Дамаскина. Этот каменный храм стал основой ныне существующего храма.
В 1880 году было построено современное здание трехпрестольного храма. Архитектор Н. В. Розов.
Храм не закрывался после Октябрьского переворота 1917 г., полностью сохранил старинное внутреннее убранство и подбор старинных церковных колоколов.
В 1996 г. храм отметил свое 300-летие и в этом же году храму был возвращен дом причта.