Приход храма святителя Николая Мирликийского в Котельниках известен с 1547 года.
Современное здание храма было построено в 1824 году. Архитектор О.И. Бове.
В годы гонений приход храма был снят с юридической регистрации, а храм закрыт для богослужений и передан в народное хозяйство после 1917 года.
В 1992 году приход был возрожден и получил юридическую регистрацию. В том же году приходу было передано бывшее здание храма.
В 1999 году храм был освящен Святейшим Патриархом Московским и всея Руси Алексием II и Блаженнейшим Дорофеем, Архиепископом Пражским и Митрополитом Чешских земель и Словакии.
5 октября 1999 года Святейшим Патриархом Московским и всея Руси Алексием II и Священным Синодом при храме учреждено подворье Православной Церкви в Чешских землях и Словакии.