Современное здание храма перешло в собственность Православной Церкви в 1880 году. В нём расположился Московский Епархиальный церковно-свечной завод при Кафедральном Соборе Христа Спасителя.
В 1899 году при заводе устроена домовая церковь.
В 1903 году организуется отдельный приход храма Святителей Московских.
В годы гонений приход был лишен юридической регистрации, а храм закрыт и передан в народное хозяйство.
В 1998 году была создана инициативная группа «За восстановление храма святителей Московских Петра, Алексия, Ионы и Филиппа».
В 1999 году приход был возрожден и получил юридическую регистрацию, в 2005 году приходу было передано бывшее здание храма.
С 2007 года по настоящее время в здании храма ведутся ремонтно-восстановительные работы.